Menggunakan aplikasi Disk Deafragmenter ini anda bisa men-defrag harddisk secara manual atau terjadwal, untuk men-setup proses defragmenter yang terjadwal anda klik tombol "Configure schedule", ceklist pilihan "Run on a schedule (recommended)", pilih isian "Frequency", "Day", "Time" dan "Disks" lalu klik tombol "OK", nah nanti aplikasi Disk Defragmenter ini akan men-defrag harddisk anda secara otomatis pada jadwal yang telah anda tentukan tadi, syaratnya komputer anda harus hidup pada waktu tersebut tentunya.
Untuk men-defrag harddisk secara manual anda seleksi salah satu partisi harddisk yang ingin anda defrag lalu klik tombol "Analyze disk", jika ternyata setelah di-analyze terdapat lebih dari 0% file yang ter-fragmented maka anda klik tombol "Defragment disk" untuk men-defrag partisi harddisk anda tersebut.